Som oftest vil EndNote opprette et bibliotek automatisk første gang du starter programmet. Dette biblioteket vil hete "My EndNote library". Hvis dette ikke er tilfellet eller du ønsker å opprette et nytt bibliotek, gjør du følgende:

Åpne EndNote slik at programmet er åpent. På Mac kan dette være litt utydelig, men det vil stå "EndNote 2025" øverst i høyre hjørnet på skjermen din. Gå på "File", og velg "New". Gi biblioteket et passende navn, og lagre biblioteket. EndNote vil også spørre om du ønsker å lagre biblioteket som en "package", men vi anbefaler at du ikke huker av på denne. Vi anbefaler også at du ikke lagrer biblioteket i en mappe som er koblet til en skytjeneste, f.eks. iCloud, da dette kan forstyrre biblioteket senere. Ta gjerne jevnlige backups manuelt i stedet. Når biblioteket er opprettet skal du få opp et vindu som ser ut som på bildet nedenfor; Dette er biblioteket ditt.

Helt øverst i vinduet finner du menylinjen.
På det mørkeblå panelet til venstre kan du velge hvilke referanser du vil se, grupper av referanser og søke online etter referanser.
- All References: Alle referansene i biblioteket.
- Recently Added: siste importerte referanser.
- Unfiled: Referancer som ikke er lagt til en gruppe.
- Trash: Søppelkasse (slettede referanser blir liggende her til Trash tømmes).

Det hvite midterste panelet viser dine referanser. Det er også et søkefelt helt øverst i panelet og snarveier.
- Eksempler på snarveier:
  - setter inn markert referanse inn i Word der hvor du har markøren i Word-dokumentet.
  - åpner opp vinduet for New Reference, for å legge til en ny referanse manuelt
  - søker etter fulltekst av referansen.

Det grå panelet til høyre viser en valgt referanse, gir mulighet til å redigere denne og å legge ved en pdf til referansen.
- Summary: viser markert referanse i valgt referansestil. Endre stilen med nedtrekksmenyen.
- Edit: oppdatere eller endre felt i referansen.
- Pdf: Legge til en Pdf til referansen

OBS: Et EndNote-bibliotek består av en fil og en mappe, som vil være navnet på biblioteket ditt + .enw og .data. Det er viktig at disse filene alltid ligger på samme sted på maskinen din side om side, da de er avhengig av hverandre for at biblioteket skal fungere! Det er viktig at du ikke legger .enw filen eller andre filer i .data mappen. Hvis du huker av for "Save as package" når du oppretter biblioteket vil disse komprimeres til en fil.

Bildet viser passende filstruktur for EndNote-filer

Eksempel på passende filstruktur for EndNote-biblioteket "Test2"